Η πόρτα προς την εξουσία άνοιξε στον Arben Ahmetaj από την κυβέρνηση Nano, όταν διορίστηκε διευθυντής του Υπουργικού Συμβουλίου στο Υπουργείο Οικονομικών και υπεύθυνος για τις Διεθνείς Σχέσεις, μια θέση που κράτησε μέχρι το 1998.
Στη συνέχεια διορίστηκε Γενικός Διευθυντής Φορολογίας. Παρέμεινε στη θέση του για ένα χρόνο. Η περίοδος αυτή θεωρείται από τις πιο προβληματικές της φορολογικής διοίκησης. Αλβανικά ΜΜΕ κάνουν λόγο για την ύπαρξη μεγάλου φακέλου διαφθοράς για τον οποίο δεν έχει ξανασυζητηθεί.
Ο εν λόγω φάκελος περιέχει στοιχεία του υπουργού, γενικού διευθυντή φορολογίας, διευθυντή τελωνείων και άλλων ανώτερων αξιωματούχων. Τα στοιχεία είχαν συγκεντρωθεί και μιλούσαν για υποθέσεις ακριβώς όταν ο Arben Ahmetaj ήταν υπεύθυνος για τους φόρους. Ποτέ όμως δεν κατηγορήθηκε. Ο φάκελος διαφθοράς υποβλήθηκε εκείνη την περίοδο από μια Ευρωπαία αξιωματούχο με το όνομα Ναταλία Τσέχα. Ήταν επικεφαλής του τμήματος VI – Καταπολέμηση της Διαφθοράς στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Το υλικό παραδόθηκε στην κυβέρνηση και την εισαγγελία αλλά δεν ήρθε ποτέ στο φως. Με την κατάθεση του φακέλου, μαθαίνεται ότι η Ευρωπαία αξιωματούχος αποχώρησε μετά από πολλές πιέσεις.