Η αλληλεπίδραση ανάμεσα στην πολυθεϊστική θρησκεία της αρχαίας Ελλάδας και την εμφάνιση του Χριστιανισμού αποτελεί μία από τις πιο κρίσιμες καμπές στην ιστορία. Η μετάβαση από τη μία θρησκευτική κοσμοαντίληψη στην άλλη συνοδεύτηκε από πολλές δυσκολίες, που περιλάμβαναν έντονες συγκρούσεις, διωγμούς και την εκτεταμένη καταστροφή ιερών χώρων της αρχαιότητας.
Η σκληρότητα αυτής της μετάβασης έχει αφήσει βαθιά ίχνη, με πιο χαρακτηριστικό παράδειγμα το γεγονός ότι πολλοί χριστιανικοί ναοί χτίστηκαν απευθείας πάνω σε αρχαίους ελληνικούς ναούς ή ότι κάποιοι από τους τελευταίους μετατράπηκαν σε εκκλησίες. Η επιλογή αυτών των τοποθεσιών δεν ήταν τυχαία. Πολλοί ερευνητές υποστηρίζουν ότι οι πρώτοι Χριστιανοί ήθελαν με αυτόν τον τρόπο να δείξουν την κυριαρχία τους απέναντι στην προηγούμενη θρησκεία.
Στα τέλη του 4ου αιώνα μ.Χ., ο αυτοκράτορας Θεοδόσιος εξέδωσε διατάγματα που οδήγησαν στην απαγόρευση της ειδωλολατρίας. Σε αντίθεση με την εποχή που οι Χριστιανοί βρίσκονταν υπό καταπίεση, τώρα ήταν οι ίδιοι που επιτίθεντο στους παγανιστές και στους ιερούς τους τόπους, καταστρέφοντας πολλούς από αυτούς. Η ίδρυση χριστιανικών ναών στα ίδια σημεία θεωρείται, από αρκετούς μελετητές, πράξη ηθικής και θρησκευτικής επικράτησης.
Ωστόσο, πέρα από τον συμβολικό χαρακτήρα αυτών των πράξεων, υπήρχε και ένας βαθύτερος κοινωνικός λόγος: η πλήρης απόρριψη μιας παλιάς παράδοσης δεν είναι εύκολη υπόθεση. Όπως φαίνεται και από άλλα παραδείγματα, όπως η υιοθέτηση της ημερομηνίας των Σατουρναλίων για τη γιορτή των Χριστουγέννων, ο Χριστιανισμός συχνά ενσωμάτωσε αρχαία έθιμα για να διευκολύνει την αποδοχή του. Ακόμη και όσοι ασπάστηκαν τη νέα πίστη, συνέχιζαν να διατηρούν έναν συναισθηματικό δεσμό με τους τόπους που συνδέονταν με τις παλιές τους λατρείες. Δεν ήταν εύκολο να εγκαταλείψει κανείς έναν χώρο που για δεκαετίες ή και αιώνες θεωρούνταν ιερός.
Το πιο γνωστό παράδειγμα αυτής της μετάβασης είναι το Παρθενώνας, ο επιβλητικός ναός της Αθηνάς στην Ακρόπολη, που χτίστηκε τον 5ο αιώνα π.Χ. και μετατράπηκε σε χριστιανική εκκλησία τον 5ο αιώνα μ.Χ. Πιστεύεται ότι ο ναός έπαψε να λειτουργεί ως παγανιστικός την εποχή του αυτοκράτορα Ζήνωνα, γύρω στο 480 μ.Χ., αν και δεν υπάρχει βέβαιη απόδειξη. Η νέα χριστιανική εκκλησία πήρε το όνομα «Εκκλησία της Θεοτόκου». Οι τοιχογραφίες με παγανιστικά μοτίβα αφαιρέθηκαν και αντικαταστάθηκαν με χριστιανικές εικόνες. Τον 13ο αιώνα ο ναός έγινε καθεδρικός, ενώ δύο αιώνες αργότερα μετατράπηκε σε τζαμί από τους Οθωμανούς. Μετά την απελευθέρωση των Ελλήνων, όλες οι προσθήκες που είχαν γίνει κατά την οθωμανική κατοχή αφαιρέθηκαν.
Άλλο χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι ο ιερός ναός της Παναγίας της Τήνου. Εκατομμύρια πιστοί ταξιδεύουν μέχρι σήμερα στο νησί για να προσκυνήσουν τη θαυματουργή εικόνα της Παναγίας. Πολλοί από αυτούς, μετά από παρακλήσεις και τάματα, αναφέρουν θεραπείες σοβαρών ασθενειών. Συγκινητική είναι η εικόνα των πιστών που γονατιστοί ανεβαίνουν τον δρόμο προς τον ναό. Κατά τη διάρκεια ανασκαφών τον 19ο αιώνα, αποκαλύφθηκε ότι κάτω από τη σύγχρονη εκκλησία βρίσκονται τα ερείπια του αρχαίου θεάτρου ή ναού του Διονύσου. Πριν την επικράτηση του Χριστιανισμού, η Τήνος ήταν ήδη φημισμένος θρησκευτικός προορισμός με ναούς αφιερωμένους στον Διόνυσο, τον Ποσειδώνα και την Αμφιτρίτη. Οι προσκυνητές ξεκινούσαν τότε το ταξίδι τους απο τα ιερά του Διονύσου και του Ποσειδώνα. Σε μικρή απόσταση βρισκόταν και η “Ιερή Πηγή της Αμφιτρίτης”, όπου οι ασθενείς αναζητούσαν θεραπεία στα νερά της. Η ίδια πηγή είναι σήμερα γνωστή ως θαυματουργή πηγή της Παναγίας.
Στην Ιταλία, στον νοτιοανατολικό τομέα της Σικελίας, στην πόλη των Συρακουσών, βρισκόταν επίσης ναός αφιερωμένος στην Αθηνά. Κατασκευάστηκε τον 6ο αιώνα π.Χ., όταν η περιοχή είχε ήδη μεγάλο ελληνικό πληθυσμό. Τον 7ο αιώνα μ.Χ., ο επίσκοπος Ζώσιμος μετέτρεψε τον ναό σε χριστιανικό καθεδρικό. Το σημερινό κτίριο, γνωστό ως Καθεδρικός των Συρακουσών, διατηρεί ακόμα τις δωρικές κολόνες του αρχαίου ναού ενσωματωμένες στη δομή του. Όπως συνέβη και με τον Παρθενώνα, ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί τον 9ο αιώνα από τους Άραβες, και επανήλθε στον χριστιανισμό δύο αιώνες αργότερα, όταν ο Νορμανδός ηγεμόνας Ρογήρος Α΄ κατέλαβε τη Σικελία.
Πίσω στην Αθήνα, κοντά στην Αγορά, συναντάμε τον δωρικό ναό του Ηφαίστου, που χτίστηκε περίπου την ίδια εποχή με τον Παρθενώνα, τον 5ο αιώνα π.Χ. Τον 7ο αιώνα μ.Χ. μετατράπηκε σε εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Γεώργιο. Σε αντίθεση με άλλες περιπτώσεις, το κτίσμα διατήρησε σχεδόν ακέραια την αρχική του μορφή. Ακόμη και σήμερα, όταν το αντικρίζει κανείς, δύσκολα θα φανταζόταν πως υπήρξε ποτέ κάτι άλλο πέρα από αρχαιοελληνικός ναός. Τον 19ο αιώνα λειτούργησε ως μουσείο και σήμερα αποτελεί διατηρητέο μνημείο.
Ο Ασκληπιείο στην Ακρόπολη Αθηνών, αφιερωμένος στον θεό της ιατρικής Ασκληπιό και τη θεότητα της υγείας Υγεία, λειτούργησε από τον 5ο αιώνα π.Χ. ως τόπος θεραπείας. Στις αρχές του 6ου αιώνα μ.Χ., το ιερό χριστιανίστηκε: τα αγάλματα καταστράφηκαν και ανεγέρθηκε τρίκλιτη βασιλική που ενσωμάτωνε τμήματα του αρχαίου ναού. Από τον 11ο έως τον 13ο αιώνα το κτίσμα χωρίστηκε σε επιμέρους κτήρια, ένα εκ των οποίων λειτούργησε ως μοναστηριακή εκκλησία. Ωστόσο, στα μεταγενέστερα χρόνια εγκαταλείφθηκε.
Τέλος, στη Λευκάδα, αναφέρεται η ύπαρξη ναού της Άρτεμης, για τον οποίο οι πληροφορίες είναι περιορισμένες. Μία από τις αρχαιότερες αναφορές προέρχεται από τον ελληνιστικό ποιητή Καλλίμαχο τον 3ο αιώνα π.Χ., ενώ τον 12ο αιώνα μ.Χ. ο Άγγλος μοναχός Γεώργιος του Μονμάουθ κάνει λόγο για ναό της θεάς Νταϊάνα (ρωμαϊκή εκδοχή της Άρτεμης). Αν και η ακριβής τοποθεσία του αρχαίου ναού δεν έχει επιβεβαιωθεί, πολλοί ερευνητές πιστεύουν ότι βρίσκεται κάτω από τη σημερινή Μονή της Φανερωμένης.